สถาบันการบินพลเรือน (สบพ.) เดิมเรียกว่า ศูนย์ฝึกการบินพลเรือนในประเทศไทย  ก่อตั้งขึ้นเมื่อ  วันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2504   โดยความร่วมมือระหว่างกองทุนพิเศษแห่งสหประชาชาติ (United  Nations Special Fund: UNSF) องค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศ (International Civil Aviation Organization :ICAO) และรัฐบาลไทย มีวัตถุประสงค์เพื่ออบรมนักศึกษาไทยและนักศึกษาจากประเทศในภาคพื้นเอเชียตะวันออกเฉียงใต้  ในวิชาชีพแขนงต่าง ๆ ของกิจการบินพลเรือนให้สามารถปฏิบัติงานได้ตามมาตรฐานสากลที่กำหนดขึ้น โดยองค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศ   เพื่อก่อให้เกิดความปลอดภัยในด้านการบิน  โดยในระยะแรกเป็นการดำเนินงานร่วมกันในรูปของคณะกรรมการบริหาร (Governing Board) และกรรมการที่ปรึกษา (Advisory Board) จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2509 รัฐบาลไทยจึงได้รับโอนมาดำเนินการเอง  และในปี พ.ศ. 2516 คณะรัฐมนตรีมีมติให้เปลี่ยนฐานะของศูนย์ฝึกการบินพลเรือนในประเทศไทยเป็นหน่วยงานหนึ่งในกรมการบินพาณิชย์ (ปัจจุบัน คือ สำนักงานการบินพลเรือนแห่งประเทศไทย) เป็นการชั่วคราวโดยยังมิได้มีกฎหมายรองรับจนกระทั่งเมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2530 ได้มีประกาศในราชกิจจานุเบกษากำหนดให้เป็นส่วนราชการระดับกองในสังกัดกรมการบินพาณิชย์ โดยมีส่วนอำนวยการและสถานฝึกอบรมวิชาภาคพื้นที่กรุงเทพมหานคร และศูนย์ฝึกอบรมด้านการบินและเครื่องช่วยเดินอากาศ ณ ท่าอากาศยานหัวหิน  จังหวัดประจวบคีรีขันธ์